قصة انمي Fate/Zero تدور حول الكأس المقدسة، وهي قوة أسطورية يُقال إنها قادرة على تحقيق أي أمنية. في الماضي اندلعت ثلاث حروب دامية من أجل الحصول عليها، لكنها انتهت جميعها دون فائز بسبب شدّة المعارك وقسوتها. رغم ذلك، تعتقد عائلة أينزبرن الثرية أن الحرب الرابعة على الكأس المقدسة ستكون مختلفة، خاصة بعد أن تمكنت من امتلاك الوعاء الذي سيحتوي على الكأس. ولهذا السبب تستعين بالعالم القاتل للسحرة المعروف باسم كيريتسوغو إيميا، وتربطه بعقد زواج مع ابنتهم إيريسفيل مقابل أن يقاتل من أجلهم في هذه الحرب. تبدأ معركة شرسة بين سبعة سحرة، حيث يستدعي كل واحد منهم روح بطل أسطوري ليقاتل إلى جانبه. يشارك كيريتسوغو في هذه الحرب مع خادمته الأسطورية سيبر، بينما يواجه خصومًا أقوياء يسعون لتحقيق طموحاتهم الخاصة. ومن أخطر أعدائه الكاهن كيريه كوتوميني، الذي يدخل الحرب بحثًا عن معنى لحياته الفارغة من خلال مواجهته مع كيريتسوغو. تُظهر القصة أحداث الحرب الرابعة على الكأس المقدسة التي وقعت قبل عشر سنوات من أحداث Fate/stay night، في صراع قاسٍ لا يضمن النجاة فيه لأي شخص.
